该片根据1592年7月8日在闲山岛近海发生的朝鲜水军击败日本水军的闲山岛海战改编，智能门锁计划下半年开机。
在打斗中，智能门锁威尔和杰克发现，巴尔巴罗萨和他的海盗们身背着咒语，在每一个月光之夜，他们就变成了不死骷髅，而伊莉莎白正是解开咒语的关键。一次，智能门锁巴伯萨一伙袭击了罗亚尔港小镇，智能门锁还绑架了总督的女儿伊莉莎白·斯万(凯拉·奈特莉KeiraKnightley饰)和伊莉莎白青梅竹马的铁匠学徒威尔·特纳（奥兰多·布鲁姆OrlandoBloom饰），想方设法救出了狱中的船长杰克，偷来英国皇家舰队最快的拦截号军舰迅速向黑珍珠追去。
巴伯萨是一个无恶不作的坏蛋，智能门锁他抢劫了杰克的黑珍珠号后，更加猖狂，在加勒比海上横行霸道，一时成为整个加勒比海的霸主。故事发生在17世纪，智能门锁传说中海盗最为活跃的加勒比海。对他来说，智能门锁最惬意的生活就是驾驶着黑珍珠号在加勒比海上游荡，自由自在的打劫过往船只
警察指挥官对於狂枪扫射的吸毒男子採取了软弱态度使得两位警员被射杀，智能门锁警察这样的处理态度是否正确，智能门锁连警界内部也出现质疑……警局的理事官——岛村奈美子是警局改革的先锋，事件发生后，奈美子到三枝警督察那里，主张修改现行的警察法……事件的一年后，有一个男子企图跳楼自杀，碰巧当时正在附近的两个男子企图拯救，一人以冷静之态度，一人诉之以情……这就是明智小五郎和金田一耕助的命运的相遇。数天后三枝在警局自己的办公室里举枪自尽，智能门锁警察厅受了很大的冲击，奈美子迅速到第一现场进行调查，但发现窗户紧闭着所以研判应该不是他杀……
申天一等人在重重谜团中层层分析、智能门锁逐步揭开谜底，找到了科学治理水患之法，彻底让古木村恢复了和平。
一句话故事:本片讲述水利专家申天一和同窗辛远航在古木村治理黄河水患问题时，智能门锁遭遇了逆水行尸的诡异事件，并意外搭救了昔日伙伴余茵。京城里，智能门锁通往兵部的路上杀机四伏，已经与王兆兴形同朋友的穆天有无事生非，闯进春满楼妓院要给曾经的红颜知己赎身。
王兆兴带着穆天有杀出重围，智能门锁在及时赶到京城的谷平安的帮助下暂时脱离困境。飞鱼营是大明朝皇家卫队中最秘密、智能门锁也是最值得托付的精英组织，内部有着严明的纪律和组织结构，擅自离开飞鱼营者将受到军法的处置。
王兆兴于德胜门外从边防军将士手里接过押送番军投降将军穆天有的任务，智能门锁几招驯服桀骜不羁的穆天有，智能门锁将穆天有装扮成中原人士模样，按指定路线向兵部而去。尽管如此，智能门锁王兆兴仍然历数自己进入飞鱼营以来的建树和苦衷，智能门锁最终征得义父的同意，但前提是要完成义父交代的最后一项任务，于天黑之前押送番军一名投降将军至兵部受审。
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